۳۱ سال پیش در چنین روزهایی خمینی فتوای محرمانه خود در خصوص اعدام تمامی زندانیانی که بر سر موضع خود در حمایت از سازمان مجاهدین خلق مانده‌اند را صادر می‌کند. فتوا تاریخ ندارد، اما سلسله وقایعی که در خاطرات حسینعلی منتظری شرح داده شده به ۶ مرداد ۱۳۶۷ اشاره دارد.
فتوای کشتار۶۷ خمینی پس از حمله سازمان مجاهدین خلق به ایران در ۳ مرداد ۱۳۶۷ صادر شد. طی سه دهه گذشته مقام‌ها این حمله را دستاویزی کرده‌اند برای کتمان این حقیقت که بین مرداد و شهریور ۱۳۶۷ هزاران مخالف و دگراندیش سیاسی را قهراً ناپدید کرده و مخفیانه اعدام کردند.
سوال موسوی‌اردبیلی، رئیس وقت دیوان عالی کشور:
آیا فتوا تنها شامل محکومان به اعدام می‌شود یا زندانیانی که در حال گذراندن احکام حبس هستند را هم در بر می گیرد؟
پاسخ #خمینی: «هرکس در هر مرحله اگر بر سر نفاق باشد حکم‌اش اعدام است. سریعاً دشمنان اسلام را نابود کنید.»
واژه «نفاق» به مجاهدین خلق اشاره دارد. با این حال، صدها هوادار گروه‌های چپ و احزاب کرد هم در کشتار۶۷ اعدام شدند. به گفته منتظری، خمینی فتوای دومی برای اعدام زندانیان «غیرمذهبی و کمونیست» صادر کرده و خامنه‌ای متن آن را دیده بود. این فتوا تا امروز محرمانه مانده است.
۹ مرداد ۱۳۶۷ منتظری در نامه‌ای به خمینی ابراز نگرانی می‌کند که فتوای او به اعدام هزاران مرد و زن منجر خواهد شد که قبلاً به حبس محکوم شده و به فعالیت دیگری هم در زندان دست نزده‌اند.
او مصرانه خواهان توقف اعدام‌ها یا دست کم معافیت زنان و مخصوصاً مادران می‌شود.
۱۳ مرداد ۱۳۶۷ منتظری در نامه‌ی محرمانه‌ی دیگری به خمینی می‌نویسد از جمله سؤال‌هایی که «هیئت مرگ» استان خوزستان از زندانیان پرسیده این‌ها بوده:
آیا حاضرید در خط مقدم جبهه با عراق بجنگید؟
آیا حاضرید روی مین بروید؟
زندانیانی که جواب منفی داده بودند اعدام شدند