سازمان عفو بین الملل در بیانیه‌ای اجرای حکم اعدام محمد ثلاث را محکوم کرد. در این بیانیه که عصر روز دوشنبه ۱۸ ژوئن/ ۲۸ خرداد منتشر شد، آمده است «این اعدام علارغم نگرانی‌های جدی در مورد ناعادلانه بودن روند قضایی به اجرا گذاشته شد. مقامات ایرانى در زمینه استفاده از مجازات اعدام سابقه‌ى اسفناکى دارند. این اعدام نقض فاحش عدالت و مغایر با وجدان انسانى است؛ مقامات اعتراضات گسترده عمومى را نادیده گرفته و دست به اقدامى شنیع زده‌اند که نه اجراى عدالت بلکه انتقام جویی است.»
محمد ثلاث اعلام کرده بود که زیر شکنجه مجبور به اعتراف علیه خود شده بود. بخشی از این اعترافات روی تخت بیمارستان از او گرفته شده و در هفته‌های قبل از دادگاهش از تلویزیون دولتی جمهوری اسلامی ایران پخش شده بود. این اعترافات به عنوان تنها شواهد محکومیت او در دادگاه مورد استناد قرار گرفت. او هیچ گاه در دوران تحقیقات و هنگام محاکمه اجازه دسترسی به وکیل انتخابی خود را نداشت و درخواست‌های مکرر وکیل او برای ارائه شواهد مبنی بر بیگناهی آقای ثلاث نیز مورد بی‌اعتنایی مقامات قضایى قرار گرفت.»
بیانیه عفو بین‌الملل (زبان اصلی) را از اینجا بخوانید.
محمد ثلاث، از دراویش گنابادی، با وجود تلاش نهادهای حقوق بشری و در خواست شمار زیادی از فعالان مدنی و مردم مبنی بر تعویق اجرای حکم قصاص، سحرگاه دوشنبه ۲۸ خرداد، اعدام شد.
سعید اشرف‌زاده، یکی از وکلای مدافع محمد ثلاث، یکشنبه ۲۷ خرداد خبر داده بود “از زندان با خانواده موکلم تماس گرفته شده که برای آخرین ملاقات به زندان مراجعه کنند” و گفته بود “بر اساس تجربه این موضوع می‌گوید که هدف اجرای حکم است.”
پیش از این اعاده دادرسی محمد ثلاث، در تاریخ ۲۳ خرداد ۱۳۹۷، از سوی دیوان عالی کشور رد شده بود. به گفته زینب طاهری، وکیل محمد ثلاث، پسر و دختر او و بر اساس اظهارات محمد ثلاث، وی سه ساعت پیش از این حادثه بازداشت شده بود، بنابراین راننده این اتوبوس نبوده است، آنها از مقامات مسئول خواسته بودند که سندی ارائه بدهند تا نشان بدهد که وی در آن روز راننده اتوبوس بوده و تنها به اعترافات اولیه وی که تحت شکنجه و ضرب و شتم گرفته شده، استناد نکنند.
محمد ثلاث، در فایل های صوتی منتشر شده ای از زندان، گفته بود: «من راننده اتوبوسی نبودم که آدم کشته است. این صحنه سازی نیروی انتظامی است».
نهادهای امنیتی، جسد محمد ثلاث، را علیرغم میل باطنی خانواده اش، به بروجرد منتقل کردند و به خاک سپردند. بنا به گفته زینب طاهری، وکیل محمد ثلاث، مسئولین بهشت سکینه کرج اعلام کرده بودند افرادی از پلیس امنیت تهران مراجعه کردند و جنازه را تحویل گرفتند و به بروجرد برده و همان جا به خاک سپردند.
گفتنی است، تلاش های خانواده جهت تهیه گزارش پزشکی قانونی و کالبد شکافی، برای اثبات اثرات ضرب و شتم و شکنجه، بر بدن وی، راه به جایی نبرد و زینب طاهری با آنکه تاکید کرده بود مستندات بیگناهی محمد ثلاث را منتشر خواهد کرد، در توئیتی گفت: «به خاطر بی نتیجه بودن این پیگیری ها از ادامه پیگیری حقوق پرونده صرف نظر کردم.»